Helt bevisst ønsket han å støtte seg til Luther. Men den som han verdsatte høyest, var nok Philipp Jacob Spener, pietismens grunnlegger.
Bare gjenfødte mennesker har troen i hjertet
For Læstadius betydde teologi theologia regenitorum (Arne Helge Teigen: «Benevnelsen theologia regenitorum betegnet således den subjektive og personlige kjennskap til åpenbaringen, som bare gjenfødte mennesker kan være i besittelse av ), de gjenfødtes teologi. Læstadius rettet sin kritikk særlig mot rasjonalismen og mot den formelle kristendommen som den svenske statskirke representerte. Teologisk verdsatte han på mange måter den lutherske renlærighet, og når det gjaldt hans bibelforståelse, knyttet han seg til det tradisjonelle syn innen kristenheten om Bibelens guddommelige vesen og dens autoritet. På samme måte som Spener, representerte også han en forståelse om at «den rene lære» måtte flyttes «fra hodet til hjertet». Med andre ord skulle «den rene lære» realiseres i den kirkelige virkelighet og i en subjektiv (selvopplevd og erfart), «levende» tro.
Pietistens far Spener og Læstadius
I sine verk Dårhushjonet og i En ropende røst i ørkenen henviser Læstadius ti ganger til (pietistmens far) Spener. Derimot støtter han seg ikke til A.H. France og heller ikke til N.L. von Zinzendorf som som hans teologiske autoriteter. Læstadius var i denne sammenheng en spenersk pietist som søkte støtte av Luther for sin teologi.
Påvirkning fra herrnhuterne
Selv om ikke Læstadius i sine skrifter henviser til til von Zinzendorf, kan man ut fra hans teologiske verden merke en påvirkning fra herrnhutnerne. Læstadius sine slektninger hadde hatt kontakt med herrnhutere i Piteå. Deres sangbok, Sions Sånger, var kjær for han. Læstadius benyttet seg av uttrykk som var hentet fra den herrnhutiske teologi, slik som «stenkjerte», noe som skildret «sjeletilstanden» til en «sorgløs» person.
Det naturlige menneske var styrt av pasjonene
Ifølge Læstadius var det naturlige menneske styrt av pasjonene (lidenskap, attrå), slik som egoismen, ambisjonene, horeriets djevel og løgnens ånd. Pasjonene (lidenskap, attrå) virker også inn på mennesket fysisk; virkningen av dem kan merkes i samvittigheten og i viljen. Læstadius avviste bestemt tilliten til dydene (en menneskelig karaktertilstand som innebærer viten om og begrunnelse av hva som er godt og dårlig), noe som hadde sitt opphav i opplysningen (fra opplysningsfilosofene). Slikt var ikke annet enn egenrettferdighet. I denne forbindelse kom han med skarp kritikk av oppfatningen til den danske teologen Lassen Martensen.
Hjertets kristendom, og forskjellen på levende og død tro
Det naturlige menneske hadde ikke forutsetninger for å forstå seg på åndelige saker. Betingelse for dette, var at man hadde fått oppleve gjenfødelse, noe som skjedde i omvendelsen. Læstadius la stor vekt på forskjellen mellom «levende» og «død» tro. Den «døde» tro støttet seg bare på de objektive faktorene (på Guds Ord og på nådemidlene), mens til den «levende» tro hørte det dessuten at man selv hadde erfart og opplevd omvendelsen, samt at man hadde blitt «adskilt» fra verden. Troen var «hjertets kristendom». Det å oppleve «nådens orden», var (noe som skjedde) en helt konkret stund i et menneskes liv.
Det som hørte med til en «levende» tro, var vekkelse, omvendelse og att man (helt konkret) fikk oppleve å få del i nåden. Den «døde» tro stolte derimot kun på objektive, ytre grunner. Derfor var slikt (for Læstadius) en blind autoritetstro. Som forutsetning for en «levende» tro, var at lovens forkynnelse skulle få virke nød og frykt i samvittigheten. Den «døde» og den «levende» tro kunne man gjenkjenne av fruktene.
Nådemidlene og nøkkelmakten
Læstadius’ sakramentforståelse var knytet til dialektikken om tro (en metode som gjennom samtale – spørsmål og svar, bevis og motbevis, argument og motargument – søker å bestemme begrepenes innhold eller, mer allment, trenge inn i et problem). Av den grunn ble det ikke framtredende i hans teologi at den objektiv nåde var knyttet til nådemidlene. Når det gjelder Læstadius’ dåpssyn, kan man se en klar todeling. I sitt verk «Dårhushjonet» vurderer han det slik at «himmelriket tilhører barna allerede før dåpen». I en del andre prekener taler han om dåpen på en klassisk luthersk måte ved å poengtere dåpens vesen som et nådemiddel, men dog med en tydelig vekkelsesteologisk vektlegning. Fra midt på 1850-tallet ble bruken av løsenøklene (nøkkelmakten) – som på den tiden hadde blitt vanlig i vekkelsens tradisjon – mer framtredende i Læstadius prekener .
Forskjellen på levende og død tro
Læstadius gjorde tydelig forskjell på «levende» og på «død» tro ved å skille mellom soteriologi (forestillinger som en bestemt religiøs gruppe gjør sig om tilegnelse av frelsen) og sosiologi (studiet av sosial adferd og sosiale fellesskap), altså mellom den gruppe troende som selv hadde opplevd vekkelse, og (på den andre side) medlemmer av den lokale lutherske menighet, de som kun var døpt.
Læstadius hadde ikke et eksklusivt menighetssyn
Læstadius sine tanker om «ecclesiola in ecclesia» (en menighet/kirke i menigheten/kirken) inneholdt tross alt ikke eksklusivisme (det at bare en menighet har rett, mens alle de andre tar feil), noe som imidlertid begynte å bli synlig senere i visse deler av de læstadianske grupperingene etter den store splittelsen som var på begynnelsen av 1900-tallet.
Læstadius fant den levende tro også i andre kirkesamfunn
Det som for Læstadius var det avgjørende kriteriet (for om noen hadde en levende tro), var nettopp det at mennesket personlig hadde troens erfaringer. Han kunne tenke seg at det blant baptistene fantes flere «levende» kristne enn i den Sveriges evangeliske-lutherske statskirke.
I sin visitaspreken i Sorsele i slutten av januar i 1844, påpekte Læstadius med sterke ordelag de indre konfliktene som hadde oppstått mellom de ulike grupperingene i leser-rørelsen, og han avviste kraftig splittelsene som hadde forekommet på grunn av de åndelige partidannelsene.
Læstadius verdsatte og forsvarte metodistpastor George Scott og hans virksomhet i Sverige. Han holdt også arbeidet som den Evangeliska Alliansen drev (sammenslutning av evangeliske kristne, en paraplyorganisasjon grunnlagt i London i 1846) som noe positivt, og forholdte seg generelt positiv til den anglosaksiske vekkelseskristendom.